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新算法可早期檢測廢水中新冠病毒變異株

作者:     發(fā)布日期: 2022-07-12     二維碼分享

? ? ? ?據近日發(fā)表在《自然》雜志上的論文,美國加州大學圣地亞哥分校和斯克利普斯研究所聯(lián)合開發(fā)了一種名為“Freyja”的算法,用于在早期檢測廢水中的新冠病毒變異株,只需兩茶匙未經處理的污水,就可準確測定新冠病毒變異株。

  斯克利普斯研究所研究人員開發(fā)了一個“條形碼”庫,可根據每個變異株特有的短RNA片段來識別新冠病毒變異株,并編寫了一種新算法,通過篩選廢水中的大量遺傳信息來匹配這些條形碼。由此生成的免費程序Freyja,已經被美國公共衛(wèi)生機構廣泛用于廢水監(jiān)測。

  研究人員表示,在實驗室對廢水樣本進行測序后,只需運行Freyja,20秒就可得到結果。當研究人員將Freyja應用于廢水樣本并將結果與圣地亞哥市的臨床數據進行比較時,他們發(fā)現(xiàn)該工具在臨床報告前14天就在廢水中檢測出了“值得關切的變異株”,包括阿爾法、德爾塔和奧密克戎變異株。

  2021年7月27日,研究人員在加州大學圣地亞哥分校的廢水中檢測到繆變異株9(B.1.621),這是在校園*臨床檢測的4周前檢測出來的。同年11月27日,該團隊還在圣地亞哥*臨床報告前11天檢測到廢水中的奧密克戎變異株。

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