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CRISPR技術(shù)將數(shù)據(jù)存入活細(xì)胞DNA

作者:     發(fā)布日期: 2021-01-15     二維碼分享

據(jù)*新一期《自然·化學(xué)生物學(xué)》雜志報(bào)道,美國研究人員通過CRISPR技術(shù),將數(shù)字電子信號直接轉(zhuǎn)換為存儲(chǔ)在活細(xì)胞基因組中的遺傳數(shù)據(jù),這或是邁向開發(fā)用于長期數(shù)據(jù)存儲(chǔ)新介質(zhì)的關(guān)鍵一步。

美國哥倫比亞大學(xué)研究團(tuán)隊(duì)使用CRISPR基因編輯技術(shù),將編碼二進(jìn)制數(shù)據(jù)(計(jì)算機(jī)用來存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的1和0)的特定DNA序列插入細(xì)菌細(xì)胞。通過將這些DNA序列的不同排列分配給不同英文字母,研究人員將文本消息“hello world!”成功編碼進(jìn)了大腸桿菌細(xì)胞內(nèi)的DNA中。研究團(tuán)隊(duì)隨后通過提取和測序細(xì)菌DNA解碼了該消息。

該項(xiàng)工作建立在研究團(tuán)隊(duì)先前為大腸桿菌設(shè)計(jì)的基于CRISPR的細(xì)胞記錄儀的基礎(chǔ)上,該記錄儀檢測細(xì)胞內(nèi)某些DNA序列的存在并將該信號記錄到生物體的基因組中。該系統(tǒng)包括一個(gè)基于DNA的“傳感模塊”,該模塊響應(yīng)特定的生物信號而產(chǎn)生高水平的“觸發(fā)序列”。這些序列被并入記錄儀的“DNA錄音帶”中以記錄信號。

研究團(tuán)隊(duì)在新研究中對傳感模塊進(jìn)行了改裝,使其可以與另一個(gè)對電信號作出反應(yīng)的生物傳感器配合使用。然后將大量細(xì)菌放入由一系列小單元組成的設(shè)備中,并暴露于電信號下。

當(dāng)施加電壓時(shí),觸發(fā)序列的水平升高,并記錄在DNA條形記錄帶中。將具有高比例觸發(fā)序列的延伸片段表示為二進(jìn)制“1”,缺少這些序列則記為“0”,由此可將數(shù)字信息直接編碼到細(xì)菌的基因組中。

一個(gè)單元可以容納的數(shù)據(jù)量很小,只有3位。因此,研究人員設(shè)計(jì)了一種方法,可以同時(shí)對具有不同3位數(shù)據(jù)的24個(gè)單獨(dú)細(xì)菌群進(jìn)行編碼,共計(jì)72位。研究人員用它將文本消息“hello world!”編碼入細(xì)菌,并演示了對合并菌群進(jìn)行測序并使用專門設(shè)計(jì)的分類器,可以98%的準(zhǔn)確率檢索到該信息。

研究人員表示,活細(xì)胞內(nèi)的DNA是一種更穩(wěn)定的介質(zhì),可以在無法預(yù)測的條件下長期保存。保留在細(xì)胞外部的DNA可能被降解,而細(xì)菌具有適應(yīng)環(huán)境變化的能力,并且可在惡劣的條件下生存。將數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在細(xì)胞中而不是在體外具有許多明顯的好處。放大或復(fù)制數(shù)據(jù)要便宜得多,因?yàn)榭梢院唵蔚嘏囵B(yǎng)更多的細(xì)胞,而不必進(jìn)行復(fù)雜的人工DNA合成,從而在短期內(nèi)就可將系統(tǒng)的容量大規(guī)模擴(kuò)展幾個(gè)數(shù)量級。

總編輯圈點(diǎn)

基因物質(zhì)本身就具備天然的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)介質(zhì),因此“活細(xì)胞硬盤”的想法,科學(xué)家早已有之。但在實(shí)際操作中,這一方式距離傳統(tǒng)硬盤的存儲(chǔ)容量還有距離。不過,活細(xì)胞一直能被視為下一代存儲(chǔ)設(shè)備中的潛力股,原因就是它的穩(wěn)定與長期存儲(chǔ)特性,科學(xué)家寄希望于未來可利用其進(jìn)行長時(shí)間的分子事件記錄和監(jiān)控,從而進(jìn)一步成為人類研究癌癥、衰老和有機(jī)體發(fā)展等的強(qiáng)大工具。(記者馮衛(wèi)東)

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